أعلى العهد المريني تغيرت الأوضاع وانجلت الغيوم التي كانت تحجب عنا معرفة الكثير من خبايا التاريخ المحلي للمنطقة، إذ توفرت مجموعة من المصادر التاريخية التي عاصرت وأرخت لتلك المنطقة كابن خلدون وابن أبي زرع وأمدتنا بمعلومات في غاية الأهمية تهم وضعية ودور تاوريرت خلال العهد المريني. وهكذا تطلعنا تلك المصادر، بأن واد زا شكل حدا فاصلا بين الدولة المرينية بفاس والدولة الزيانية بتلمسان وأصبحت بذلك مدينة تاوريرت تخما نشطا بين عمل بني مرين وبني عبد الواد في جانبها عامل السلطان أبي يعقوب وفي جانبها الآخر عامل عثمان بن يغمراسن. (5)

وفي إطار الإحتكاك والصراع بين الطرفين، بغية التوسع والسيطرة على مناطق النفوذ بالمغربين الأوسط والأقصى تمكن السلطان أبو يعقوب يوسف من طرد عامل عثمان من يغمراسن من الجانب الذي كان يسكنه من تاوريرت ودمره وشرع في بناء الحصن الذي هناك إلى الآن وأحكم بناءه وركب أبوابه مصحة من الحديد ليكون حجرة عثرة وسد منيع أمام أي تهديد  زياني مرتقب بالمنطقة، أما عامل عثمان بن يغمراسن المطرود، انسحب شرقا ناحية وجدة واتخد من الركادة مقرا جديدا لحكمه، (6) ريثما يعيد ترتيب صفوفه ويتوصل بالدعم اللوجيستيكي من تلمسان ويعيد الكر على تاوريرت حتى يشفي غليله من بني مرين الذين طردوه. وحسن الوزان الشهير بليون الإفريقي يتحدث بإسهاب عن هذا الصراع المريني الزياني على تاوريرت خصوصا بعد أن استولى بنو مرين على مملكة الغرب: "فقد رغب المرينيون في أن تتبع تاوريرت مملكة فاس، بينما أراد بنو زيان أن يضموها إلى مملكتهم، فأدى ذلك إلى أن احتلها بنو مرين ودمروا قسما كبيرا منها يسكنه أعداؤهم، ولما اشتغلوا بعد ذلك بحروب مراكش واستأثرت بهم حوادثها الخطيرة حتى  لم يعودوا يولون أمر تاوريرت كبير اهتمام، وثب عليها ملك تلمسان فاستردها وخربها ونهب الجانب الذي كان يسكنه أعداؤه منها. وما كاد يعقوب المريني أن يستولي على مراكش حتى أسرع إلى تاوريرت واستردها وهكذا استبدلت تاوريرت رؤساءها عشر مرات في ظرف خمسين سنة تارة تخضع لملك فاس، وتارة أخرى تخضع لملك تلمسان، إلى أن دمرت أخيرا وهجرت في الحرب الأخيرة التي شنها أحمد حادي عشر ملوك بني مرين بفاس عام 780 للهجرة. وبعد ذلك أقطعوها لأحد رؤساء الأعراب، فغلبهم اليأس وعزموا على الهجرة وتلرك المدينة، وذات ليلة فروا إلى ندرومة وهي مدينة تابعة لملك تلمسان". (7)

وكان من نتيجة الصراع المريني الزياني على المنطقة، خراب مدينة تاوريرت إلا أنه يجب التذكير بأن أهمية الثغرية  ودورها في الحدود عن حوزة مملكة فاس من ناحية الشرق، جعلها دائما محط اهتمام أعظم السلاطين المرينيين، وهكذا نجد السلطان أبو سعيد عثمان يعيد بناء الحصن العسكري بتاوريرت سنة 721 هـ ، 1301م ويشحنه بالرجال والرماة ليقف في وجه أي تهديد زياني، كما نجد أيضا أن السلطان أبي الحسن المريني عندما تولى الملك وثار ضد أخيه أبي علي، يستقر بتاوريرت، حيث أصبحت منطقة زا وتافراطة على عهده منطقة عسكرية مخافة أن يستغل بني عبد الوادذلك النزاع ويقوموا بالزحف على المنطقة. (8)

إلى جانب مهمتها الثغرية، وما واكب تلك المهمة من أحداث سياسية، تمكنت تاوريرت من لعب دور طلائعي بالمنطقة من الناحية الإدارية، وأصبحت مقر عمالة بالمغرب الشرقي على العهد المريني، إذ سرقت الأضواء من مختلف مدنه، هذا على الرغم من أن يوسف ولو أنه أعاد بناء وجدة، فإنه لما رجع إلى فاس قاعدة ملكه كانت تاوريرت هي مقر عمالة شرق المغرب في هذا التاريخ. (9) ولأهميتها بالمنطقة عقدها السلطان أبو يعقوب يوسف لأخيه أبي بكر بن يحيا، كما أسندت ولايتها للأمير محمد عثمان بن  تاشفين قبل سنة 761 هـ،  1359م   (10)  كما كانت مقر عمالة حتى عندما كانت مقسمة بين عمل بني مرين وبني عبد الواد.